一种有藻工厂化循环水养殖系统，包括养殖区域和水处理区域，水处理区域包括微滤机池，气浮池，黑暗处理区，生物处理区，紫外杀菌池、调节池和人工湿地，有藻工厂化循环水养殖系统布置在透光的钢架大棚或砖混结构车间内，养殖区域位于养殖系统的中心位置，水处理区域环绕养殖区域布置，环绕式布局充分利用车间平面空间，使整个车间布局紧凑，本系统能有效拦截养殖水体中的固体颗粒物、去除水体中的氨氮类物质，人工湿地处理技术使高颗粒物浓度水体可以集中收集并二次利用，有效减少因直接排放造成的环境污染和浪费，养殖规模可大可小，养殖设施简单，系统投资小，适于以个体或家庭为单位从事水产养殖生产，有利于推广使用。