本发明提供一种钻井废弃物中重金属的捕捉和掩蔽方法和系统，所述系统包括砂石分离装置、泥浆储存搅拌罐、泥浆反应罐、脱干设备和沉淀罐等，通过技术手段将钻井废弃物中重金属元素通过分批加入pH调节剂、氧化剂和重金属捕捉剂，使之结合成有机硫重金属螯合物，然后进行复合絮凝，实现破稳，使固、液分离。经机械脱干后，固体分离物以泥饼的形式修路垫场或还田。本发明将钻井废弃物中重金属元素转化成化学稳定性高的重金属有机硫化物，阻止了重金属污染土壤和地下水，起到了掩蔽的作用。